발에 맞춰 저절로 커지는 마녀 구두가 지루해서 마법 양말을 만들기 시작한 마녀 네네칫. 스스로 양말 마녀라고 이름 붙이자 얼굴에 양말 모양 주근깨가 생기고 ‘선택받은 마녀’의 증표가 나타나기 시작한다. 그런 네네칫에게 마운트 쿡 입학 통지서를 주고, 대신 반려 개 빅테일을 데리고 떠난 세쌍둥이 마법사 핍 형제. 여기까지가 《양말 마녀 네네칫 ①_가짜 마녀 진짜 마녀》의 내용이었다. 잔뜩 약이 오른 네네칫이 빅테일을 찾으러 마운트 쿡 마법 학교에 오면서 2권의 이야기는 시작된다. 빅테일만 데리고 돌아갈 생각이었던 네네칫은 선택받은 마녀의 비밀을 알아내기 위해 마법 학교에 입학한다. 교장 바바티카에게 선택받은 마녀의 존재를 알아내려고 하지만, 바바티카는 규칙만을 강조하며 무시한다. 룸메이트 아이샤와 함께 비밀을 캐내다가, 죽을 때까지 간지럽히는 괴물 마하하 앞에 서는 벌을 받게 된다. 바바티카에게 더 큰 비밀과 음모가 있다는 걸 알게 된 네네칫은 결국, 마녀 아이샤, 마법사 핍과 함께 삼총사가 되어 초대 교장 오렌지레이스를 찾는 모험을 떠난다.